Genitale wratjes komen voor op geslachtsdelen, op of rond de eikel, maar ook op de schacht van de penis, balzak; vaak op kleine schaamlippen, maar ook kunnen er wratjes zijn op de grote schaamlippen; ook vaak op of rond de anus (heeft niets te maken met anale seks), in liezen en schaamstreek, zelfs zonder dat er wratjes aan de geslachtsdelen zichtbaar zijn. Het zijn huidkleurige of (licht)bruine wratjes, enkele tot tientallen.